Arbejdet kom til at foregå under ungdomsskoleinspektørens og beskæftigelseskonsulentens ledelse. Der blev indgået en aftale med Struer skibsværft om den daglige ledelse af arbejdet, og om at arbejdet skulle foregå på skibsværftet med ansatte herfra som vejledere for de unge og som arbejdskraft på de opgaver, der krævede det. De unge skulle være på værftet og benytte faciliteterne der på lige fod med de øvrige ansatte, således at de på denne måde vænnede sig til at være på en arbejdsplads, noget mange af dem aldrig havde prøvet før.
Sammen med Struer skibsværft var der lagt budgetter for arbejdet helt frem til færdiggørelsen. Budgetterne byggede på almindelige prisberegninger fra værftet og var bagefter blevet ”oversat” til beskæftigelsesarbejder. I budgetterne var der taget højde for en del udskiftning af planker, nye lønningsstøtter og lønning overalt, nyt vaterbord, skandæk og livbolt, nyt dæk, hovedreparation af motor, nye master og rundholter, elinstallation, aptering, redningsmateriel og mange andre opgaver. Arbejdet påregnedes at ville tage ca. 3 år.
I november måned 1979 blev de første unge ansat på projektet, og et omfattende oprydnings- og nedbrydningsarbejde gik i gang. Ballasten (brosten fra den gamle Sæby-Frederikshavn landevej og skinneunderlæg) blev taget op. Tidligt i januar kunne ”Marilyn Anne” tages på land og sættes til side, så værftet stadig kunne bruge sin bedding.
Nedbrydningsarbejdet kunne fortsætte på den nye arbejdsplads, der blev etableret rundt om skibet. Det viste sig ret hurtigt, at der skulle skiftes tømmer (spanter), garnering og sætgange i et omfang, der oversteg det budgetterede, men samtidig bedømte skibstilsynet skroget som værende i god stand, alderen taget i betragtning.
I løbet af foråret viste det sig, at en god part af stævnen, bjørnen og forreste del af kølsvinet skulle skiftes.
”Marilyn Anne” havde en ret stor køIsprængning, som kunne formindskes meget, da de øverste range af planker, skandækket, vaterbordet og bjælkevægerne var udtaget. Under ophalingen havde der på  beddingsvognen været opklodset svarende til den kølsprængning, der var målt på forhånd. Da nu stivheden langskibs var borte kunne opklodsningen ved hjælp af donkrafte og kiler formindskes meget. Senere blev der lagt en svær jernplade på begge sider af den udvendige køl for at forhindre et tilbagefald.